Eine Software wie Lotus Notes kann nur von Beginn an effektiv eingesetzt werden, wenn sie gut vorbereitet eingeführt wird. Daher muss eine solche Einführung lange und sorgfältig geplant werden – das gilt vor allem, wenn Lotus Notes in größeren Unternehmen zukünftig die Arbeitsabläufe erleichtern soll. Eine vorherige Schulung ist unumgänglich, alle späteren Nutzer müssen sich im Voraus mit Lotus Notes auskennen und vor allem auf mögliche Gefahrenquellen hingewiesen werden.

Zwar wird Lotus Notes in erster Linie „nur“ zur Bearbeitung von E-Mails, Terminen und Kalender benutzt, doch sollte man nicht vergessen, dass der Arbeitsablauf diese drei Punkte betreffend bereits zahllose Dokumente enthalten kann, die durchaus Sicherheitsbestimmungen unterliegen sollten. So ist etwa der E-Mail-Verkehr eines bestimmten Mitarbeiters, einer Abteilung oder einer Projektgruppe in der Regel eher nicht für andere Augen bestimmt. In den meisten Fällen ist der Inhalt der E-Mails für nicht involvierte Mitarbeiter zwar uninteressant, doch gibt es auch immer wieder Fälle, wo E-Mails in den falschen Händen zu Schäden innerhalb der Firma führen.

Im Idealfall sollte den Möglichkeiten solcher falschen Anwendung von Lotus Notes im Vorfeld durch die Administratoren vorgebeugt werden. Die Admins müssen besonders geschult werden, damit sie sich mit sämtlichen Sicherheitsfeatures der Software bestens auskennen. An den Administratoren ist es, später unnötige Ausfälle oder Sicherheitsrisiken zu verhindern. Wurde Lotus Notes installiert, müssen die Admins entsprechend der vorher abgesprochenen Vorgaben das System konfigurieren. Hier ist bereits sicherzustellen, dass nur die berechtigten Admins Zugriff haben, damit sich nicht schon bei der Installation Fehler einschleichen können.

Erst wenn die Administratoren alle benötigten Einstellungen vorgenommen und die jeweiligen Zertifikate sowie Sicherheitsstufen zugewiesen haben, darf das Programm von den anderen Nutzern in Anspruch genommen werden. Das Lotus Notes System muss möglichst nachhaltig konfiguriert werden, um einen lange störungsfreien Arbeitsablauf zu gewährleisten. Diese Initialkonfiguration betrifft sowohl die verwendeten Server als auch die verschiedenen Clients.