Aufgrund einer Nahrungsmittelunverträglichkeit kommt es zu vergleichbaren körperlichen Reaktionen wie beispielsweise bei einer Überempfindlichkeit. Diese kann sich exemplarischerweise in Jucken, Pickeln, Blähungen, Verdauungsstörungen, Durchfall, Schnupfen oder Migräne äußern. Der informativste Kontrast zwischen Überempfindlichkeit und Nahrungsmittelunverträglichkeit (z.b. Glutenallergie) begründet sich in den physikalischen Entwicklungen. Währenddessen bei einer Überempfindlichkeit das betroffene Gewebe abwehrend gegen den Inhaltsstoff eines Nahrungsmittels wirkt und Antikörper bildet, kommt es bei einer Unbekömmlichkeit nicht zum intervenieren des Immunsystems. Der genaue Prozess bei einer Nahrungsmittelunverträglichkeit ist indessen weiterhin unbekannt. In Fällen von Unverträglichkeit Gluten fehlen dem Organ differenzierte Abwehrenzyme, woraufhin die Digestion einsamer Nahrungsbestandteile impraktikabel gemacht wird.

Die schwersten Fälle von Nahrungsmittelunverträglichkeit sind Laktoseintoleranz und Glutenunverträglichkeit, da die Menschen in der Regel ihre kompletten Ernährungsgewohnheiten eingrenzen müssen.
Das Enzym Laktase ist für die Digestion der Milch bzw. die Aufspaltung des Milchzuckers verantwortlich. Fehlt dem Organ dieses Enzym, so kann der Milchzucker nicht aufgespalten werden und erschafft im Zwölffingerdarm eine einwandfreie Lagerstätte für Keime. Diese Parasitenansiedlung führt dann zu Schmerzen im Unterbauch, Durchfall und Blähungen. Um zu überprüfen, ob es sich hierbei ernsthaft um eine Überempfindlichkeit handelt, bei der die Symptome sich gleichen, wird ein spezifischer Test durchgeführt. Erkrankte mit einer Laktoseintoleranz können auf laktosefreie Milch zurückgreifen oder eigene Substanzen schlucken.

Gluten ist ein Stoff, der vor allem in Weizen und Gerste enthalten ist. Folglich ist das Leiden auch als Weizenallergie geläufig. Zugleich geläufig sind die Namen Zöliakie und Sprue. Im Verlauf einer %Unverträglichkeit von Gluten wird die innere Haut des Darms ggf. zersört. Daraufhin führt dies zur Rückentwicklung der Darmeinbuchtungen, die für die Aufnahme von Nährstoffen verantwortlich sind. Folglich sind klassische Zeichen Schläfrigkeit und Übelkeit.